Gedung Gereja St. Philipus Rasul, diberkati dan diresmikan pada tanggal 14 Desember 2008 oleh Julius Kardinal Darmaatmadja, S.J. bersama Wali Kota Jakarta Utara, Effendi Anas. Kapasitas gedung gereja dapat menampung hingga 700 umat.

Dalam perayaan-perayaan besar, maka dapat diekspansi menggunakan Aula St. Markus dan Aula St. Maria agar dapat menampung umat yang lebih banyak lagi.

Gua Maria berada disamping gedung gereja dengan suasana yang asri dan sangat mendukung untuk umat berdoa.

Pastoran berada dalam lokasi gereja dan digunakan untuk akomodasi pastor-pastor yang melayani di Gereja St. Philipus Rasul.

Ruang Sekretariat digunakan sebagai fasilitas bagi umat dalam mengurus keperluan administrasi gereja. Team sekretariat gereja siap melayani umat untuk keperluan dokumen, pengurusan penerimaan sakramen, dll.

Toko Rohani menyediakan berbagai perlengkapan rohani seperti salib, rosario, patung Bunda Maria, dll

Aula St. Markus merupakan aula semi terbuka yang digunakan untuk berbagai kegiatan. Utamanya adalah untuk cadangan tempat untuk misa ketika hari raya besar, untuk acara2 kegiatan gereja, performance, dll.

Aula St. Maria digunakan untuk acara-acara yang lebih formal, dengan kapasitas lebih dari 150 orang, tersedia proyektor, AC, sound system, keyboard, dll

Aula lt. 2 digunakan untuk rapat dengan kapasitas sedang, dibawah 100 orang. tersedia AC, proyektor, sound system.

Ruang Bina Iman digunakan untuk kegiatan bina iman anak, remaja, katekumen, dan kegiatan-kegiatan lainnya

Ruang konsultasi dapat digunakan untuk umat berkonsultasi dengan pastor, maupun untuk konsultasi dengan seksi terkait lainnya

Ruang kolekte umumnya digunakan untuk rekap kolekte dan juga untuk rapat kecil dibawah 10 orang.

Parkiran gereja dapat menampung cukup banyak kendaraan, baik mobil dan motor.